Αποστολή του Τμήματος Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος είναι:
- η παροχή υψηλής στάθμης γεωπονικής εκπαίδευσης,
- η παραγωγή πρωτοποριακής γνώσης και τεχνογνωσίας, και
- η μεταφορά της παραγόμενης γνώσης προς όφελος της κοινωνίας σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο.
Έτσι οι απόφοιτοι του Τμήματος θα είναι ικανοί να χειρίζονται την κλασσική και τη σύγχρονη μεθοδολογία δημιουργίας και παραγωγής βελτιωμένου πολλαπλασιαστικού υλικού (γενετική βελτίωση, βιοτεχνολογία-γενετική μηχανική), τη σύγχρονη καλλιεργητική τεχνική (φυσιολογία, θρέψη, άρδευση, φυτοπροστασία), την ανάπτυξη και εφαρμογή σύγχρονης γεωργικής τεχνολογίας, την αειφόρο διαχείριση των φυσικών πόρων και του αγροτικού περιβάλλοντος και την ποιοτική παραγωγή και ασφάλεια τροφίμων φυτικής προέλευσης.